恐惧症的基础是非理性的恐惧。虽然恐惧症的原因尚不清楚，但正是由于这种不合理性，恐惧症的原因被认为是心理上的根深蒂固或生物性的。
患有恐惧症的人（参见恐惧症列表）通常来自其他成员患有焦虑症的家庭，这使人们相信恐惧症可能至少部分是遗传性的。对双胞胎的研究表明，特定和社交恐怖症是中度遗传的。1
恐惧症也可能源于学到的经验。如果观察到家庭成员对某个物体或情况的恐惧反应，可能会在儿童身上产生恐惧症; 例如，害怕虫子或蛇。2
恐惧症的生理原因
关于恐惧症的生理原因有几种理论，并且各种类型的恐惧症都涉及大脑的不同部分。众所周知，副交感神经系统 - 涉及身体的飞行或战斗反应 - 在恐怖症中被激活。这可能导致：
心率和血压升高
震
心悸
出汗
呼吸急促
头晕
刺痛的感觉
在一些恐怖症中，功能性脑成像研究表明，与健康受试者相比，大脑的某些部分过度活化。根据恐惧症，大脑的不同部分可能过度激活。研究还显示，患有恐怖症的人的脑化学物质（血清素）水平较低。
恐惧症的心理原因
心理学的不同分支假设不同的恐惧症原因：
心理动力学理论 - 恐惧症源于内心冲突，如低自尊或未解决的内部冲突。
认知行为疗法 - 恐惧症源于学习行为; 例如，对物体或情况的初始焦虑经历可能导致长期的恐惧症。
社交恐惧症可能是由缺乏社交技巧引起的，导致负面的社交互动。可能有些人对这方面的拒绝过敏。
据认为，一些恐惧症是由与物体或情况有关的反复惊恐发作引起的。这不仅可以创造学习的反应，还可以创造扭曲的思想和信念。（了解如何停止惊恐发作）
创伤，例如虐待和吸毒也被认为会引起恐惧症。
